Несколько лет назад четыре маленьких черепашки и крыса стали объектом для экспериментов ученых, занимавшихся изменением генетики. Разработанный этими учеными мутаген изменил животных, и они увеличились в размерах, при этом обретя настоящий разум. После пожара в лаборатории, подопытные образцы оказались в канализации, которая и стала для них домом. Крыса взяла себе имя имя Сплинтер и стала настоящим отцом для маленьких черепах, воспитывая их как своих родных детей. Найдя пособие по боевым искусствам, Сплинтер изучил сначала их сам, а потом обучил и своих детей.
Спустя годы Черепашки-ниндзя выбрались на поверхность и спасли жителей Нью-Йорка от повисшей над ними смертельной угрозы. В жестоком сражении Черепашки сумели одолеть могущественного злодея по имени Шредер. Человек, желавший погубить всех горожан ради собственного обогащения, был уничтожен героями... Вернее, так все считали, но опытный воин выжил и задумал новые злодеяния.
Находясь в тени, Шредер создал собственных воинов-мутантов, которые должны были помочь ему обрести былое могущество. Справиться с новыми врагами оказалось не под силу даже Черепашкам, поэтому к ним на помощь приходит парень в хоккейной маске, которого звали Кейси Джонс. Вместе герои должны найти способ не дать Шредеру осуществить свой новый более хитроумный план...